1998年，中央文明办、建设部、国家旅游局联合开展创建全国文明风景旅游区活动。武陵源自1998年开始，根据“环境优美，秩序优良，服务优质，游客满意”的总体要求，以“珍爱世界遗产、共创旅游文明”为主题，广泛开展了文明风景旅游区创建活动。创建使武陵源保护更加严格，环境明显改善，基础设施完备，管理不断加强，服务水平提高，于2005年被评为“全国创建文明风景旅游区工作先进单位”。

2007年是国务院《风景名胜区条例》颁布实施一周年和建设部开展国家级风景名胜区五年综合整治的全面验收年，也是中国风景名胜区设立二十五周年。由于武陵源风景名胜区工作成绩突出，被评为“国家级风景名胜区综合整治优秀单位”、“最具特色的中国十大风景名胜区”，区委常委、副区长郑圣春同志被评为“综合整治先进工作者”。

武陵源风景名胜区按照综合整治的要求，机构设置更加合理，按照“小政府、大社会”和“两块牌子、一套人马”的模式，在区政府加挂风景名胜区管理局牌子，设置景区办事处和自然保护区管理局，成立武陵源旅游产业发展有限公司，对景区实施科学有效管理；斥资600万元对风景名胜区总体规划进行修编，于2005年9月获国务院批准，制定了遗产保护与风景保育规划，编制了索溪峪、中湖、天子山等旅游镇总体规划和详细规划，并严格规划执法，严把建设项目审批关；规范景区标志标牌，共拆除431块不符合要求的标牌，坚持文化性、艺术性和实用性相结合的原则，分别以石英砂岩、青石和原实木作为标牌质材，在景区共设置400多块解说牌、指路牌、景点牌和提示牌等，现整个景区标志标牌特色鲜明，自成体系；建立健全了规章制度，包括保护、规划、建设和管理等方面制度，维护世界自然遗产的真实性和完整性，森林公园管理处、旅游产业公司、景区环保客运公司、黄龙洞、宝峰湖、黄石寨索道、天子山索道、百龙天梯8家旅游企业还顺利通过了“三位一体”国际化标准管理体系认证（ISO9001质量管理体系、ISO14001环境管理体系、OHSAS18001职业健康安全管理体系），景区管理水平和服务质量逐步向国际标准迈进。通过5年综合整治，武陵源风景名胜区步入健康协调可持续发展的良性轨道。

为全面回顾、总结和展示25年来风景名胜区行业的发展历程和工作成就，建设部还开展了中国风景名胜区二十五周年系列宣传活动。全国192家国家级风景名胜区及世界自然与文化遗产地通过电视、网络、展览、平面媒体集中亮相，武陵源精心组织，参加了网络评选、《秀丽山川》摄影展、纪念表彰大会和在北京农展馆举行的《锦绣中华》综合成就展系列活动。网络评选活动在《中国影视之家》进行了形象展播，进行网上实时投票，最终由群众和专家分别评选出“最受群众喜爱的中国十大风景名胜区”、“最佳资源保护的中国十大风景名胜区”、“最具特色的中国十大风景名胜区”、“最具潜力的中国十大风景名胜区”。武陵源被评为“最具特色的中国十大风景名胜区”，于2007年12月1日在北京人民大会堂接受了授牌，武陵源风景名胜区的知名度和美誉度进一步提升。